Amoniak reagiert auf Säuren. Versuch doch mal, die Windeln mit etwas Essig oder Zitronensäure zu waschen, bzw. vorher einzuweichen. Ist aber bei All-in-one-Windeln nicht ganz optimal, weil Säuren natürlich die Gummis, bzw. andere Oberflächen angreifen können. Von daher würde ich erstmal mit ner kleinen Menge anfangen.
Ich hab auch mal den Wäschezusatz MioFresh extra für Windeln ausprobiert. Das hat bei mir auch funktioniert.